乌迪内斯队成立于1896年，是意甲球队中历史第二悠久的俱乐部（仅次于热那亚），创始人是詹保罗城的一群学者。
球队成立后，第一个赛季便赢得了一项非正式赛事的冠军。至1911-1912年度才开始参加全国性比赛。1925-26赛季球队曾位于顶级联赛一个赛季。1929年意甲、意乙创办之时，乌迪内斯处在第三级别联赛（意丙还未创立），第二年即升入意乙，1933年降级，1938-1939赛季由意丙再升入意乙。球队在1949-50年度的乙级联赛中获第二名，历史上首次升入甲级。1954-1955赛季，乌迪内斯队夺得意甲联赛亚军，这是其在意甲联赛的最好成绩，但却因假球丑闻而被勒令降级，随后的一个赛季夺得乙级联赛冠军再度升至甲级。1962-1963赛季，球队主场输了11场，是意甲联赛单赛季主场输球场次最多纪录。
在1980年代，乌迪内斯因重金请来了巴西球星济科而名噪一时。1982-1983赛季济科打入19球名列意甲射手榜次席，乌迪内斯获得80年代最好成绩——第六名。此后，乌迪内斯却一直在降级区徘徊。1986-1987赛季乌迪内斯6胜12平12负位居最后一名降级。1989-1990，乌迪内斯重返甲级，取得倒数第四，6胜15平13负，再度降级。1992-1993赛季，乌迪内斯重返甲级后，当赛季仅获得第14名，通过降级附加赛勉强保级。
20世纪90年代初的乌迪内斯只是巴尔博一个人的球队，阿根廷著名前锋效力乌迪内斯4个赛季，一共为乌迪内斯打入65球，其中两个赛季超过20球，1992-1993赛季，巴尔博打入21球，被罗马重金买走。1993-1994赛季，乌迪内斯取得倒数第三，7胜13平14负，再度降级，这也是是他们也是目前为止最后一次降级。自1995年升入甲级之后，乌迪内斯的总战绩位居所有意甲球队第六位。
1997年，在扎切罗尼的率领下，乌迪内斯以意甲第五名身份首次获得参加欧洲联盟杯赛的资格，随后一个赛季他们取得意甲第三，这也是意甲扩军后他们的最好成绩。此后连续两年，乌迪内斯都在圭多林和德卡尼奥的带领下杀入了欧洲联盟杯。在1996-1998这三年中，乌迪内斯队每个赛季末都能排在积分榜前7位。当时的乌迪内斯成为培养球星和教练的摇篮，德国球星比埃尔霍夫、巴西球星阿莫鲁索、阿根廷球星鲁本·索萨、丹麦球星约根森、意大利球星波吉、菲奥雷、詹尼凯达等都是在该队走向成功的。其中不得不提两位伟大的射手——德国球星比埃尔霍夫和巴西球星阿莫鲁索。但比埃尔霍夫在荣膺1997～1998赛季最佳射手后被卖给了AC米兰队，而阿莫鲁索在获得1998～1999赛季最佳射手后也转会去了帕尔马足球俱乐部。
2001年之后，乌迪内斯由于大批优秀球员的出走，导致了衰退，直到斯帕莱蒂二度执教乌迪内斯。2002-2003赛季，乌迪内斯以意甲第六名的成绩再度杀入欧洲联盟杯，而后一个赛季，在亚昆塔、迪纳塔莱和迪米凯莱的带领下，乌迪内斯以联赛第四的成绩首次杀入欧洲冠军杯。在欧洲冠军杯资格赛首轮，他们就淘汰了02-03欧洲联盟杯亚军里斯本竞技足球俱乐部，小组赛，面对巴萨和不莱梅等强队，乌迪内斯以3-0、2-1击败希腊冠军帕奈辛奈科斯足球俱乐部，1-1、3-4略逊不莱梅。最后一轮，面对巴萨，乌迪内斯最后10分钟连丢2球，最终输掉了比赛，被不莱梅挤出十六强。
随后，斯帕莱蒂远走罗马，乌迪内斯启用激情教练科斯米。但他第一个赛季却陷入保级大战，联赛后半段，加莱奥内代替科斯米救火成功。2006-2007赛季，加莱奥内和马莱萨尼都因最终战绩不佳而下课，该赛季乌迪内斯名列第10。2007-2008赛季，在意甲新一代教练马里诺的带领下，乌迪内斯依靠迪纳塔莱和夸利亚雷拉这对黄金搭档掀起了青春风暴。最终，乌迪内斯赛季排名第七，获得了参加下赛季欧洲联盟杯的资格。而在这个赛季的意大利杯中，乌迪内斯也打入了8强。
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